于是元恭亲自提笔，直截了当地写到：我以寡德之身，有幸受到众人推举当了皇帝，希望能跟天下万民共同庆贺。这次也不搞啥特殊化了，大赦的方式跟以往一样就行。
赦文既出，中外欣然，众人认为元恭贤明内省，严谨务实，总算天不负社稷，北魏终于又迎来了一位好皇帝。
大家都很高兴。
除了尔朱兆。
尔朱兆听闻尔朱世隆等人没征求他的意见就把皇帝给换了，登时火冒三丈。
废立皇帝这么大的事情居然不跟我商量，根本没把我这个尔朱荣继承人放在眼里嘛。况且我都搭了个闺女给元晔做皇后了，现在元晔被废，我不是变成冤大头了么？
于是尔朱兆整顿兵马，声言要杀回洛阳找尔朱世隆算账。
尔朱世隆得到消息吓得够呛，他知道尔朱兆这个愣头青啥事都干得出来，赶紧派尔朱彦博去跟尔朱兆解释。
尔朱彦博也意识到问题的严重性，他快马赶到晋阳面见尔朱兆，说大侄子你消消火听我解释，这次换皇帝实在是因为元晔自己太作，大家都受不了才一致决定这么做的。元恭在血脉亲疏、品行声望、秉性涵养等方面都比元晔合适多了，选他做皇帝对我们大家都好。现在北魏国内还很乱，四方人心未定，咱们尔朱家族必须要团结起来一致对外才行，如果这时候起内讧窝里斗，就会被别人趁虚而入，那样对大家都不好。至于搭了个闺女这件事，你放心，叔叔们肯定会补偿你的。
好说歹说，总算把尔朱兆给哄好了，答应暂时不去洛阳闹事。
元恭也知道自己是靠尔朱氏的支持才能上位的，不得不在政治上做一些妥协，但一些明显不合理的事情他还是尽量坚持原则。
给尔朱荣正名是第一件躲不过去的事情，元恭也很大方，下旨追赠尔朱荣为相国、晋王，加九锡，把尔朱荣生前没得到的荣耀都补全了。
但尔朱世隆打算再进一步，想把尔朱荣的神位放到北魏的皇室宗庙中配飨。
大臣的神位进入皇庙可是大事，尔朱荣毕竟是个欺负过皇帝的权臣，混进皇帝的宗庙里怎么说都有点别扭。元恭的心里颇有些不情愿，他授意司直刘季明去跟尔朱世隆说，这个事不太好办，因为不知道配给谁。如果配飨给宣武帝元恪，尔朱荣在该朝并没有什么功勋；如果配飨给孝明帝元诩，尔朱荣又亲手干掉了他老妈胡太后；如果配飨给孝庄帝元子攸，尔朱荣又为臣不终。总而言之找不到适合尔朱荣的位置。
尔朱世隆气得要死，但刘季明说得有理有据，没法反驳，而且还要顾及维护跟元恭的关系，所以他吓唬了刘季明一下，没有治他的罪。最终尔朱荣被越级配飨给了孝文帝元宏。
当初尔朱兆南下的时候，负责把守太行陉的安东将军史仵龙、平北将军阳文义不战而降，导致契胡大军一路长驱直入占领洛阳。尔朱世隆打算为史仵龙和阳文义请功，元恭道：这俩人只对尔朱家有功，他们的行为对国家并不是好事，不宜提倡。没有同意给他俩封赏。
尔朱天光平定关陇之后，把万俟丑奴抢下来的那只波斯进贡给北魏的狮子送到洛阳。元恭觉得狮子是野外禽兽，成天被关着有违它的本性，命人把狮子送回波斯。洛阳到波斯路途遥远，这帮送狮子的人不堪劳苦，于是偷偷商量了一下，在半路把狮子给毒死了，对外声称狮子是病死的。没料想不久有人告发此事，有司打算按欺君之罪把这些人全部处死。元恭知道之后赶紧加以制止，狮子毕竟只是禽兽而已，岂能因为它加罪于国之子民？下令赦免了这些人。
尔朱兆杀入洛阳的时候，齐州城内的豪强赵洛周依附尔朱氏，聚众驱逐了齐州刺史丹阳王萧赞，把萧赞的夫人，也就是元子攸的姐姐寿阳长公主抓起来送到洛阳。寿阳公主守节不屈，最终被尔朱世隆缢杀。萧赞伪装成僧人逃入附近山中，辗转多处，殁于阳平郡。元恭登基后，命人将萧赞的灵柩迎回洛阳，以王礼与寿阳长公主合葬在嵩山。
元恭闭口八年，看尽了这段时间里北魏政权的风云变幻和世态炎凉，也躲过了多次阴谋与杀戮，现在为时势所逼，不得不出来当这个皇帝。他内心还算是积极的，既然坐在了这个位置上，就尽自己最大努力把工作做好。但现在北魏政权已是薤上之露风中之烛，没人知道还能走多远，一切只能尽人事听天命了。
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