停在港口里面的西班牙舰队，依然保持着强大的战斗力，虽然在奉天府湾那一战中远征舰队全军覆没，可是却依然拥有着包括两艘一级战舰、十艘三级战舰和二十六艘四级战舰。
为了防止大明的舰队进入到港湾之中，它们在博尔顿的指挥之下，已经做好了作战准备。
与此同时，在马尼拉总督府里面，孔德总督召集了所有的将领前来开会。
“将军们，咱们现在已经到了最危急的时刻菲律宾是卡洛斯三世国王陛下在亚洲最重要的殖民地，绝对不能让它在咱们的手中失去”孔德给大家说明了眼下的紧急情况。
“总督阁下，现在的情况非常危急我是陆军中军衔最大的军官，而且我也经验最为丰富。现在马尼拉的城防力量不足，我想让您将菲律宾所有的陆军都交给我指挥”卢比奥陆军上校心中满是对于西班牙和国王陛下的忠诚，第一个就站了出来。
“好，我将吕宋岛上能够召集到的所有陆军都交给你指挥卢比奥上校，绝对不能让马尼拉丢失了它是咱们在菲律宾的统治中心”孔德说道。
“总督阁下，这些明军人数众多，海军只能抵挡他们一时，最终难免全军覆没最重要的是，咱们需要本土前来的支援”博尔顿海军少将说道。
“你们放心吧，在得到这些明军过来袭击的时候，我就在第一时间向位于墨西哥的新西班牙总督马克多佩德罗发出了求援他是距离咱们最近的救援力量，而且我还向卡洛斯三世国王陛下亲自写信求援信使已经乘着快船，成功逃离出去了，要不了多少时间，咱们就能得到增援”孔德总督信誓旦旦地说道。
他派出的那些信使，乘坐着没有悬挂旗帜的小船，在第一时间就逃离了马尼拉，可是李继发他们却并没有发现。不过，朱海涛却早就猜到了这一点。占领菲律宾会严重刺激已经日暮西山的西班牙帝国，他们一定会倾尽全力夺回菲律宾的。
“那就好了，我们这就能放心了。”博尔顿说道。他知道海军这次是凶多吉少了，但是如果能够得到增援，为马尼拉的城防争取时间，他就是死了也虽死无憾了。
“卢比奥上校，你现在就去准备马尼拉的城防吧”孔德发出了命令。
卢比奥得到命令之后，立即开始整顿马尼拉的防务。这里的炮台，因为常年没有威胁，早就变得锈迹斑斑，而他现在才开始加固，而且，马尼拉没有大口径的岸防炮，只来得及在岸防炮台上部署一些42磅舰炮。这还是马尼拉里面的造船厂给西班牙舰队准备更换的，可是现在却只能被用来制作岸炮使用了。
这个时候整顿防务其实已经晚了。卢比奥对于能否成功坚持到援军到来，完全没有信心。他所作的只能是听天命尽人事而已。在他手上，只有四个步兵团和一个仅剩的炮兵团，还有五百人左右的骑兵队。他还将所有土人编练的军队放到了马尼拉里面组成城防部队，他们总共有两万五千多人。
可是这么多部队，完全不是明军五个师的对手。虽然卢比奥在马尼拉城里大力招募西班牙人保卫马尼拉，部队总人数也只有一万五千人左右，加上土人编练的军队也只有四万热左右，虽然人数上和明军差不多，但是在战斗力上，却完全是天上地下。
卢比奥提议孔德，要抓菲律宾的华人来当做肉盾。可是孔德却不敢采用这种方法，虽然在给明军的回复当中他这样威胁，可是孔德真的害怕朱海涛真的同意他的将领采用种族灭绝的方法来报复他。在他眼里，这些华人的命就跟猪狗一样，西班牙人则是高高在上的上帝。就是把菲律宾的所有华人杀光，他也不敢让这里的十万多西班牙人遭受伤害。
经过卢比奥的动员，整个马尼拉都慌『乱』了起来，大量的西班牙人向总督府的方向赶去。他们觉得那里才是最安全的地方，可是一个小小的总督府，怎么容得下好几万人最终，只有一些官员大商人的家属被允许进入总督府附近避难，其余的人则被专门安置在了条件简陋的军营附近。
1781年10月10日上午11点，第一舰队和第二舰队的二十艘“夏”级战舰，已经来到了合适的位置，战舰上的舰炮已经全部瞄准了马尼拉的岸防炮台。虽然，明军得到的情报是这里的防备非常薄弱，可是为了以防万一，他们还必须处理掉这个隐患。
经过这几天的秘密动员，锦衣卫的情报人员就和马尼拉的华人大家族取得了联络，并告诉他们明军即将对马尼拉发动进攻。因此，大部分华人都及时逃离了马尼拉，转移到了合适安全的乡下去了。对于明军的到来，他们一开始持着观望的态度，可是现在明军气势如虹，全歼了远征的西班牙军队，统一了棉兰老岛，这些华人大家族才觉得大明是非常有希望的，因此也就纷纷投靠了大明。
对于当地的土着，明军的进攻似乎和他们没有关系。不过他们在几百年的时间里面，因为西班牙人的挑拨，和华人结下了生死的仇恨，华人在过去常常是他们欺负的对象。同时，他们对于西班牙人是非常惧怕但也很仇恨的。锦衣卫的谍报人员和他们的一些头领也进行了接触，假意答应他们只要推翻了西班牙人的统治，就能把菲律宾还给他们，将华人撤走，允许他们独立建国。因此，他们也是蠢蠢欲动。
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